Dérégulation intrinséque des fonctions anti-leucémiques des cellules Natural Killer dans les Syndromes Myélodysplasiques.

Responsable du Stage :Dr Nicolas DULPHY

Tél : 01 42 49 48 94……… Fax : 01 42 49 46 41……… E-mail : nicolas.dulphy@u-paris.fr……

Institut de Recherche Saint Louis

Résumé du Projet de Stage 

Les cellules souches hématopoïétiques (CSH) sont à l’origine des cellules myéloïdes et lymphoïdes impliquées dans le Système Immunitaire. Cependant, au cours du vieillissement, les CSH peuvent présenter des mutations somatiques, un phénomène appelé Hématopoïèse Clonale de Potentiel Indéterminé (CHIP), associées à un risque accru d’hémopathies malignes. Celles-ci incluent les Syndromes Myélodysplasiques (SMD), des hémopathies myéloïdes clonales affectant la moelle osseuse (MO), survenant le plus souvent chez le sujet âgé, et pouvant évoluer en Leucémie Aiguë Myéloïde (LAM) dans 30% des cas.

Nous avons pu montrer récemment que les lymphocytes cytotoxiques Natural Killer (NK), acteurs majeurs de la réponse immunitaire anti-leucémique, pouvaient présenter les mutations somatiques à l’origine des SMD (Boy et al. 2022. Nature Comm. In revision). Nos travaux se sont particulièrement intéressés au rôle de la méthylcytosine dioxygénase TET2, dont le gêne est fréquement muté dans les CHIP, dans le développement et la régulation fonctionnelle des cellules NK. En utlisant des analyses ex vivo chez des patients SMD, des modèles de lymphopoïèse NK in vitro avec extinction de TET2 par SH-RNA, et des modèles murins TET2ko, nous avons identifié les moments clefs de la différenciation NK requiérant la présence d’une molécule TET2 fonctionnelle.

La protéine TET2 est fortement impliquée dans la régulation épigénétique du génôme en assurant la déméthylation des cytosines au sein des zones enrichies en sites CpG, et en servant de plateforme d’aggrégation pour des facteurs de transcription tels que WT1 ou EBF1. L’objectif du projet est de préciser de quelle manière ces deux mécanismes sont impliqués dans la différenciation NK et quels sont alors les partenaires protéiques de TET2. Le laboratoire est en train de produire par méthode CRISPR/cas9 des lignées cellulaires lymphoïdes NK et T (en contrôle) dans lesquelles auront été introduites des mutations de TET2 troncantes conduisant à une perte complète de TET2 ou à une protéine sans son domaines catalytique, ou une mutation faux-sens conduisant à la production d’une protéine complète mais sans fonction enzymatique. Il s’agira de caractériser phénotypiquement (cytométrie en flux) et fonctionnellement (tests de prolifération, sensibilité à l’apoptose, quantification de la méthylation de l’ADN) les différentes lignées produites. Le projet incluera des analyses transcriptionnelles à large échelle (RNA-seq) pour chaque profil mutationel. Les résultats obtenus seront ensuite validés sur nos modèles de différenciation NK in vitro et sur des échantillons sanguins ou médullaires de patients SMD chez qui nous auront identifiés des cellules NK mutées pour TET2.

Références:

– Boy M, Bisio V, Zhao LP, Guidez F, Lereclus E, Henry G, Villemonteix J, Rodrigues-Lima F, Gagne K, Retiere C, Kim R, Clappier E, Sebert M, Mekinian A, Fain O, Caignard A, Espeli M, Balabanian K, Toubert A, Fenaux P, Ades L and Dulphy N. (2022). NK cell genome methylation and anti-leukaemia function in the presence of Myelodysplastic Syndrome-associated TET2 mutations. Nature Comm. In revision.

– Zhao LP, Boy M, Azoulay C, Clappier E, Sébert M, Amable L, Klibi J, Benlagha K, Espéli M, Balabanian K, Preudhomme C, Marceau-Renaut A, Benajiba L, Itzykson R, Mekinian A, Fain O, Toubert A, Fenaux P, Dulphy N*, and L Adès*. (2021). Genomic landscape of MDS/CMML associated with Systemic Inflammatory and Auto-Immune Disease. Leukemia. 35(9):2720-2724.

* Les auteurs ont contribué également à ce travail.


Ce projet s’inscrit-il dans la perspective d’une thèse :

                                                       oui  x

                                                       non o

 si oui type de financement prévu : Allocation du MESRI

 Ecole Doctorale de rattachement : Ecole Doctorale Hematologie Oncogenese et Biotherapies (HOB)

Intitulé de l’Unité : Inserm U1160 « Ecotaxie, Microenvironnement et Developpement lymphocytaire »

Equipe d’Accueil : Chimiokines, niches lymphoïdes et immunopathologie (Equipe 1)

Nom du Responsable de l’Unité : Pr. Antoine Toubert

Nom du Responsable de l’Équipe :Drs. Karl Balabanian et Marion Espéli

Adresse : Inserm U1160, Institut de Recherche Saint Louis, 1 avenue Claude Vellefaux 75010 PARIS