OFFRE DE THESE 2023 : Projet MICROMETHYL.

Projet MICROMETHYL.

Description du sujet de thèse

Contexte:
Les modifications post-traductionnelles des macromolécules sont ajoutées et enlevées par des enzymes writer et eraser. En aval, les protéines reader vont reconnaître ces marqueurs chimiques. Ces variations définissent par exemple le code épigénétique des histones. Par analogie, le code tubuline fait référence à l’hétérogénéité de cette protéine, qu’elle provienne de l’expression de différentes isoformes ou de modifications post-traductionnelles. Les variations de la tubuline modulent ses propriétés d’assemblage en microtubule et l’interaction avec des protéines partenaires. Récemment, il a été montré que plusieurs méthyltransférases à domaine SET, connues pour modifier des histones et dont le dysfonctionnement est associé à l’apparition de cancers, modifient également les microtubules. C’est le cas par exemple de SETD2, qui méthyle la lysine 40 de la tubuline-alpha, une modification reconnue par la protéine reader PBRM1.

Objectifs:
Le projet de thèse que nous proposons aura pour objectifs d’établir les bases structurales de la modification de la tubuline par les méthyltransférases à domaine SET, les effets sur la dynamique des microtubules, et le mécanisme de recrutement de protéines reader. Il s’inscrit dans le contexte général des modifications post-traductionnelles affectant les microtubules.

Activités:
– Mettre en œuvre des méthodes de biologie moléculaire et de biochimie pour l’expression et la purification de protéines recombinantes.
– Conduire des expériences biochimiques et biophysiques pour la caractérisation des interactions protéine-protéine et pour l’étude de la dynamique des microtubules.
– Mettre en œuvre des méthodes de biologie structurale (cristallographie aux rayons X et microscopie électronique) pour obtenir la structure de complexes protéiques pertinents.
– Concevoir et conduire des expériences pour valider les hypothèses formulées à partir de l’analyse structurale.

Compétences:
– Être titulaire d’un master en biologie ou équivalent.
– Des compétences dans l’une ou l’autre des techniques mentionnées ci-dessus seront un plus, mais nous recherchons avant tout une personne motivée.
– Être capable de travailler en équipe.
– Être rigoureux et savoir rendre compte.
Pour postuler, envoyer lettre de motivations et CV accompagnés du relevé de notes de master (ou équivalent) ainsi que les coordonnées d’une personne susceptible de donner une appréciation sur le candidat.

Contexte de travail

Le projet sera développé sur le campus du CNRS à Gif-sur-Yvette, au sein de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), un laboratoire d’environ 600 personnes comprenant cinq départements scientifiques et un ensemble de six plateformes méthodologiques. L’équipe Biochimie Structurale des Microtubules, des Kinésines et de leurs Cargos (environ 10 personnes) fait partie du département de Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S). Notre équipe développe des approches de biologie structurale intégrative pour l’étude des filaments d’actine, du transport intracellulaire assuré par les kinésines, et de la dynamique des microtubules et de sa régulation. Le projet de thèse portera sur cette dernière thématique. La thèse sera encadrée par une Ingénieure de Recherche CNRS et par un Directeur de Recherche CNRS et codirecteur de l’équipe.
Le doctorant bénéficiera de l’infrastructure et des équipements du laboratoire pour la production de protéines, la biochimie, la biophysique, la cristallisation des protéines et une première caractérisation en microscopie électronique. Nous bénéficions également d’un accès au synchrotron SOLEIL pour la cristallographie, et à moyen terme, des microscopes de dernière génération seront accessibles à SOLEIL et à l’I2BC. Ce projet est soutenu par l’ANR (période 2023-2027), incluant un financement de thèse de 3 ans.