Ateliers Expérimentaux

ATELIER Biologie Moléculaire Eucaryote

Vinciane Regnier, India Leclercq, Jean-François Ouimette, Guillaume Velasco

Identification des cibles génomiques et transcriptomiques d’un facteur de transcription dans un contexte lymphocytaire

• Cartographie des sites de fixation d’un facteur de transcription sur le génome humain

Analyses de données de séquençages ADN (ChIP-seq)

– Introduction à la plateforme Galaxy (https://usegalaxy.org/) et aux outils d’analyses de données de séquençage dans le contexte d’une expérience de ChIP-seq (Immunoprécipitation de la chromatine suivie d’un séquençage « haut débit »).

– Elaboration d’un « pipeline » d’analyse et identification des cibles génomiques d’un facteur de transcription à partir de données publiques de ChIP-seq.

• Facteur de transcription et expression génique : approches expérimentales

– Réalisation d’une expérience de ChIP à partir de lignées lymphoblastoides. Analyse par ChIP-qPCR de la présence du facteur de transcription d’intérêt au niveau de séquences identifiées par l’étude bioinformatique (Galaxy)

–  Analyse par RT-qPCR de l’expression des gènes à proximité du site de fixation du facteur de transcription dans un contexte « sauvage » ou « mutant » pour le facteur de transcription étudié

Satisfaction des étudiants 2021-2022 :

En cours de chargement…

Cela prend trop de temps ?

Recharger le document

| Ouvrir dans un nouvel onglet

Atelier Facteurs de virulence et réponse immunitaire de l’hôte

Anne Couedel-Courteille – Ignacio Garcia-Verdugo

Explorer des interactions bactéries/cellules immunitaires en termes de facteurs de virulence et de réponse de l’hôte, par une approche transversale riche en techniques utilisées dans les domaines de la biochimie, biologie cellulaire et moléculaire, enzymologie, bactériologie et immunologie.

Pour étudier l’impact de facteurs de virulence bactériens importants pour la pathogénicité dans la reconnaissance de la bactérie par le système immunitaire de l’hôte et sa réponse

• Techniques en biochimie (western blot),
• Techniques en biologie cellulaire (culture cellulaire, microscopie à fluorescence),
• Techniques en enzymologie (dosage enzymatique, zymogramme),
• Techniques en bactériologie (courbes de croissance, étalement sur boite),
• Techniques en immunologie (phagocytose, ELISA) pour étudier les facteurs de virulence bactériens importants pour la pathogénicité et la reconnaissance de la bactérie par le système immunitaire de l’hôte.

Satisfaction des étudiants 2021-2022  :

En cours de chargement…

Cela prend trop de temps ?

Recharger le document

| Ouvrir dans un nouvel onglet

ATELIER IntegraProt

Catherine Etchebest, Julien Dairou, Wilfried Grange, Karine Moncoq, Stéphanie Petrella, Thérèse de Caldas

Etude intégrative d’un système enzymatique eucaryote.
Approche intégrée structure-fonction pour caractériser la glycogène phosphorylase b, enzyme à régulation allostérique.

• Exploration de la famille de cette protéine et des propriétés structurales à l’aide de l’outil Chimera.
• Prédiction de sites fonctionnels sur la base d’alignement multiples. Etude de l’impact de mutations.
• Préparation d’un extrait brut cellulaire et purification de la glycogène phosphorylase b par chromatographie d’affinité et analyse sur gel SDS-PAGE.
• Mise en évidence des propriétés allostériques de l’enzyme (à l’aide d’un effecteur) et du rôle important de certains résidus (par marquage chimique) dans cette régulation (mesures de vitesse initiale et traitement des données à l’aide d’un logiciel spécifique et/ou du langage R).
• Etude de la fixation d’un ligand par spectrofluorimétrie et mise en évidence de transfert d’énergie.
• Visualisation et analyse structure-fonction à l’aide du logiciel Pymol.

Satisfaction des étudiants 2021-2022 :

En cours de chargement…

Cela prend trop de temps ?

Recharger le document

| Ouvrir dans un nouvel onglet