Responsable
Stéphanie Petrella
Ateliers Expérimentaux
Objectifs
Formation à la démarche scientifique expérimentale, à travers l’utilisation de diverses techniques et méthodologies, en lien avec les notions théoriques complémentaires du cursus.
Un atelier au choix parmi les trois proposés.
Rôle d’un facteur de transcription à l’échelle du génome.
Cartographier des sites de fixation d’un facteur de transcription sur le génome humain et analyser l’expression de gène cibles .
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ATELIER Rôle d’un facteur de transcription à l’échelle du génome.
Vinciane Regnier, India Leclercq, Jean-François Ouimette, Guillaume Velasco
- Cartographie des sites de fixation d’un facteur de transcription sur le génome humain
Analyses de données de séquençages ADN (ChIP-seq)
– Introduction à la plateforme Galaxy (https://usegalaxy.org/) et aux outils d’analyses de données de séquençage dans le contexte d’une expérience de ChIP-seq (Immunoprécipitation de la chromatine suivie d’un séquençage « haut débit »).
– Elaboration d’un « pipeline » d’analyse et identification des cibles génomiques d’un facteur de transcription à partir de données publiques de ChIP-seq.
- Facteur de transcription et expression génique : approches expérimentales
– Réalisation d’une expérience de ChIP à partir de lignées humaines. Analyse par ChIP-qPCR de la présence du facteur de transcription d’intérêt au niveau de séquences identifiées par l’étude bioinformatique (Galaxy)
– Analyse par RT-qPCR de l’expression des gènes à proximité du site de fixation du facteur de transcription dans un contexte « sauvage » ou « mutant » pour le facteur de transcription étudié
Satisfaction des étudiants 2025-2026 :
100% des étudiants recommandent ces TPs. 80 % des participants estiment que ces TPs ont pleinement répondu à leurs attentes, et 20 % considèrent qu’ils y ont globalement répondu.
Voici quelques commentaires d’étudiants :
– « Je pense que ce TP est parfait pour les étudiants qui voudraient avoir une approche bio-informatique sans nécessiter de compétences en programmation ».
-« C’était super cool »!
– « Beaucoup de temps à manipuler et on apprends l’importance et l’intérêt de la partie bio informatique en recherche (qui n’est pas négligeable) ».
– « Je recommande ce TP aux autres étudiants. Il est riche à la fois sur le plan pratique et théorique, et il permet de se confronter à de nouvelles techniques. Ne craignez pas l’inconnu, c’est en le découvrant que l’on progresse. »
– « Realiser une chIP en TP est une belle opportunité à saisir ! »
Facteurs de virulence et réponse immunitaire de l’hôte
Explorer des interactions bactéries/cellules immunitaires en termes de facteurs de virulence et de réponse de l’hôte, par une approche transversale riche en techniques utilisées dans les domaines de la biochimie, biologie cellulaire et moléculaire, enzymologie, bactériologie et immunologie.
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Atelier Facteurs de virulence et réponse immunitaire de l’hôte
Anne Couedel-Courteille – Ignacio Garcia-Verdugo
Explorer des interactions bactéries/cellules immunitaires en termes de facteurs de virulence et de réponse de l’hôte, par une approche transversale riche en techniques utilisées dans les domaines de la biochimie, biologie cellulaire et moléculaire, enzymologie, bactériologie et immunologie.
Pour étudier l’impact de facteurs de virulence bactériens importants pour la pathogénicité dans la reconnaissance de la bactérie par le système immunitaire de l’hôte et sa réponse
- Techniques en biochimie (western blot),
- Techniques en biologie cellulaire (culture cellulaire, microscopie à fluorescence),
- Techniques en enzymologie (dosage enzymatique, zymogramme),
- Techniques en bactériologie (courbes de croissance, étalement sur boite),
- Techniques en immunologie (phagocytose, ELISA) pour étudier les facteurs de virulence bactériens importants pour la pathogénicité et la reconnaissance de la bactérie par le système immunitaire de l’hôte.
Satisfaction des étudiants 2024-2025 :
Rôle d’un facteur de traduction dans la résistance aux antibiotiques
Étudier la fonction et la régulation du facteur de traduction MsrD de la famille des protéines ABC-F dans la résistance aux macrolides par une approche multidisciplinaire. Les étudiants vont pouvoir caractériser son rôle dans la résistance aux antibiotiques par des techniques transversales couramment utilisées en laboratoire de recherche. Ces techniques incluent la culture bactérienne, la détermination de concentrations minimales inhibitrices d’antibiotiques, la purification de protéines, la mesure de l’activité ATPasique, la traduction in vitro et la visualisation 3D des protéines impliquées dans la régulation de la traduction.
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ATELIER Rôle d’un facteur de traduction dans la résistance aux antibiotiques
Techniques employées:
- Biochimie (purification de protéines, gel SDS PAGE, mesure de fluorescence et de luminescence),
- Enzymologie (dosage activité ATPase),
- Bactériologie (courbes de croissance, mesure de concentrations minimales inhibitrices d’antibiotiques),
- Biologie moléculaire (traduction in vitro),
- Bioinformatique (PRISM)
- Biologie structurale (visualisation des structures 3D en utilisant Pymol et ChimeraX) pour comprendre le fonctionnement de cette régulation à l’échelle atomique
Évaluation par les étudiants Année universitaire 2024/2025
Compétences visées
- Avoir une réflexion scientifique/technique avec discussion du protocole expérimental et les outils à mettre en application
- Organiser son travail à la fois en autonomie et en équipe
- Obtenir, interpréter et restituer les résultats expérimentaux sous différentes formes (écrit et oral)
- Développer la rigueur, le sens critique et l’esprit synthétique d’analyse